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國人普遍對基因改造食品沒有好感，但基改食品早已深入日常生活。根據ISAAA調查，全世界基改作物種植面積，在2013年已達到1.75公頃，四大基改作物包括黃豆、玉米、油菜、棉花，主要生產國主要來自美國、巴西、阿根廷、加拿大、印度、大陸；朱文深說，我國每年進口250公噸的黃豆中，8至9成是基改作物。

「所有食品都有基因，因此沒有『基因食品』的說法。」朱文深解釋，除了高度精煉的食品外，所有作物都含有基因，所以，「將甲生物某個基因用『現代基因工程技術』轉移植入乙生物（基因改造生物），其所製造、加工、調配的食品就稱為基因改造食品」。目前基改作物最大的爭議是「可跨物種」的特性，不能完全掌握微生物、動植物交叉復育後，帶來的衝擊與影響範圍有多大。

基改食品分為「基因改造微生物」、「基因改造作物」、「基因改造動物」，朱文深說，目前全世界只放准基因改造植物食品，但動物則未核准，原因在於動物具有「移動性」，很難避免基改動物與非基改動物交配，恐影響自然生態。世界衛生組織與連合國糧農組織對基改食品的安全評估原則是「實質等同」，也就是將基改與非基改食品做組成分、安全性等比較。

目前我國沒有基改食品的「專法」，對基改食品安全的管制法規散於〈食品衛生管理法〉中，國外作法也不一，有些有專法，有些則無。朱文深認為，我國未來所有含基因改造的食品都要查驗登記，以及比照歐盟，基改作物佔產品總量0.9%，就要標示，過去則是5%，已算嚴謹。